я делаю по частям изображения

Рисунок 3-1 и 3-2. Раскрашенный подчищенный и не подчищенный рисунки.
Шейдинг я делаю по частям изображения и по цветам. Остаемся в раскрашенном слое и при помощи "волшебной палочки выбираем часть изображения. Потом выбираем инструмент Dodge/Burn (установленный на светлые тона) и затемняем или осветляем части изображения (между Dodge и Burn легко переключаться - нажимайте ALT, когда рисуете).
Можно также создать тени при помощи аэрографа.